هر چند این رشته در ایران رشته جدیدی به حساب می آید، رشته انفورماتیک پزشکی در کشور های پیشرفته رشته ای با بیش از نیم قرن سابقه است. از لحاظ کاربردی، این دانش در اواسط قرن بیستم با اولین کاربرد های کامپیوتر در علوم پزشکی شکل گرفت و اولین برنامه های هوشمند تشخیصی پزشکی در دهه شصت میلادی (یعنی حدود دهه سی شمسی) نوشته شدند، و اولین بیمارستان الکترونیک در دهه هفتاد (حدود 1350 شمسی) راه اندازی گردید.
رشته دانشگاهی انفورماتیک پزشکی نیز از دهه هفتاد (در اروپا و آمریکا) شکل گرفت و در حال حاضر نزدیک به هفتاد دانشگاه در سرتاسر جهان، بصورت رسمی این رشته را ارائه می دهند.
در ایران نیز این رشته، از سال 1388 همزمان با ورود اولین فارغ التحصیلان این رشته از خارج از کشور، در مقطع کارشناسی ارشد و دکترا، راه اندازی گردید. در اولین دوره پذیرش این رشته در مقطع دکتری، دانشگاه علوم پزشکی مشهد بصورت مستقل، و دانشگاه شهید بهشتی و تهران، بصورت مشترک، برای پذیرش دانشجو در این رشته مجوز گرفتند. در اولین دوره کارشناسی ارشد نیز دانشگاه شهید بهشتی، تهران (و ایران سابق) تنها دانشگاه های پذیرنده دانشجو بودند که در سال 1390، دانشگاه های علوم پزشکی مشهد، شیراز، و تربیت مدرس نیز به لیست دانشگاه های پذیرنده دانشجو اضافه شدند.
